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むしきんぐさん，こんにちわ。

簡単にいってしまうと，SoftEtherっていうのは，
イーサネット用LANアダプタとスイッチングハブの動作を
ソフトウェア的にエミュレーションするものです。

つまり，仮想LANカードがイーサネット用LANアダプタに相当し，
仮想HUBがスイッチングハブに相当する，っていうことですね。
そして，HUBとLANアダプタをケーブルでつなぐ代わりに，
仮想LANアダプタ（クライアント）から仮想HUBに対してTCP/IPの接続動作を行って
両者をつなぎます。

だから，これを置き換えて考えれば，
IPやらARPの動きは，基本的に，何も変わりありません。
難しく考えない方がいいんじゃないかしら。

ところで，SoftEtherを実際に動かしてみたことありますか？
質問の内容から，ドキュメントを読んでいるだけのように感じるのですが，
どうでしょう？

SoftEtherは，ドキュメントで仕組みを丁寧に解説している方ですが，
それでも，読むだけでは細かいところは理解できません。
実際に動かしてみるのがお勧めです。
できれば，パケットを覗いてみれるとよいでしょう。