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>ルータはパケットのやりとり（データ部分）もちゃんと見てるわけですね。

原則としてルータはパケットのデータ部分は見ません。
というか，本来のルーティングの機能はデータ部分を見ないということです。
ルータに付随するアドレス変換機能がデータ部分を見ると思えばよいでしょう。

>それでルータがFTP対応機能をもっている場合
>ウェルノウンポートで決まってるから20番とPORT 192,168,0,2,4,200で見た
>ポート番号とサーバ、クライアントのIPアドレスを組み合わせてルーティング
>テーブルを作っているという考え方でよろしいでしょうか？

この話は，ルータのアドレス変換機能に関するものです。
つまり，ルータでアドレス変換する場合に，
アドレス変換用のテーブル，
つまり，グローバルアドレスとプライベートアドレスの対応表に
PORT 192,168,0,2,4,200から情報を拾って登録するということです。
パケット中継先を判断するために使う
ルーティングテーブルの方に登録するわけではありません。

なお，アドレス変換機能はすべてのルータが持っているわけではありませんし，
アドレス変換機能を持っていてもFTPに対応していないものもあります。

この辺，ちょっとややこしいですね。