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尾崎さん，こんにちわ。

プログラミングが具体化してきたのでしょうか，
だんだん，難しい領域に入ってきてますね。

>(1)ソケットプログラミングにおいて、UDPのチェックサムの設定を
>オフにできるとの説明をみたのですが、具体的にはsetsockopt()で
>するのでしょうか？

いやー，これはわかりません。
ゴメンナサイ。

>(2)あと、UDPで一度に送信指定できる最大バイト数（オクテット数）は
>IPヘッダ16ビット65536バイト－IPヘッダ20バイト＝65516バイト
>でいいのでしょうか？

UDPヘッダの分も考えなくちゃいけないと思います。
つまり，
　UDPメッセージのユーザデータ長
　　＝IPメッセージ長－IPヘッダ長－UDPヘッダ長
　　＝65,535－20－8
ということです。
それから，IPヘッダにオプションフィールドが付加されると
その分IPヘッダ長が長くなりますから，それも考えておいた方がいいでしょう。

>(3)また、TCPでは送信したデータがキューに残っているのですが、
>Javaでいうflushに相当する関数はCのソケットAPIにはないのでしょうか？

えーと．．．
何かあるはずですね～，あったはずだなぁ．．．っていう程度しか思い出せません。
これも，ゴメンナサイ。
socketのオプションか，そうじゃなかったら，sendとかrecvとかいう関数のように，
独立した関数でコントロールするのだったかもしれません。
TCP_NODELAYとか，fcntlとか，ioctlとかいったキーワードで，
Google辺りを検索してみると何か出てくるかもしれません。
こんなページも参考になるかも。
http://www.faqs.org/faqs/unix-faq/socket/

でも，この領域になると，ドキュメントを読むだけじゃなくて，
ソースコードを読んでみたり，プログラムでいろいろ試したり
することをお勧めします。