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>と言うことはPPPoEで接続した時と、普通のダイヤルアップでペイロードのサイズ
>を1500以上にした時、同じファイルをダウンロードした場合、
>PPPoEでの接続の方が受け取るパケットの数は多くなるんですか？

はい，そうです。

送信側が途中PPPoEによってペイロードが小さくなっていることを知らずに，
ペイロードが1500バイトだと思ってパケットを送信すると，
PPPoEのリンクのところで，IPフラグメンテーションによって，
パケットは分割されます。

送信側がペイロードが小さくなっていることを知っている場合は，
そのサイズに合わせて，パケットサイズを小さくして送ります。