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GNOMEを起動する箇所を元に戻せば,twmとxtermが動くはずです。
念のために,その箇所を下に書いておきます。
もし,これで動かないようなら,
設定ファイルがおかしくなっているのかもしれません。
VNCを一度アンインストールしてから,再インストールした方がいいかしら。

(1)<ログインするユーザのホームディレクトリ>/.vnc/xstartup
-----
#!/bin/sh
xrdb $HOME/.Xresources
xsetroot -solid grey
xterm -geometry 80x24+10+10 -ls -title "$VNCDESKTOP Desktop" &
twm &
-----

(2)/usr/bin/vncserver
-----
(途中省略)
$defaultXStartup
= ("#!/bin/sh\n\n".
"xrdb \$HOME/.Xresources\n".
"xsetroot -solid grey\n".
"xterm -geometry 80x24+10+10 -ls -title \"\$VNCDESKTOP Desktop\" &\n".
"twm &\n");
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