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TCPに悩むさん，こんにちわ。

クライアント側のポート番号は
最初のコネクションが1032で，二つ目のコネクションが1033なんですよね。
それだったら，コネクションは別のものですから，
割り込んでいるわけではありませんし，何もおかしくありません。
たまたま，最初のコネクションのパケットが全部終わる前に，
二つ目のコネクションが始まっているだけだと思います。

Linux側のポート番号が同じ番号（9000番）なので，
同一コネクションと勘違いしているように見受けますが，
接続を待ち受ける側のポート番号は同じ値になりますから，
同じ9000番号でもコネクションは違うものになります。

その辺の話は，『ネットワークはなぜ．．．』の399ページ近辺に
説明があるので，参考になるでしょう。

このコネクションの割り込み云々よりも，
二つ目のコネクションの最後にRSTが返っているところが気になりますね。
Linux側で通信が強制終了しているっていうことだと思いますが，
心当たりありますか？