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bee_yanさん，こんにちわ。

>　　<質問１>
>　　クライアント→プロキシ→サーバのパケットの流れについて

この理解でいいと思います。

>　　<質問２>
>...
>　　クライアントはプロキシサーバのIPアドレスをどのように知るのでしょうか？

ブラウザにプロキシを設定しない場合は，
クライアントはプロキシの存在に気づきませんし，
当然のことながら，プロキシのアドレスも知りません。
この場合，クライアントはWebサーバに向けてパケットを送るわけです。
そして，パケットがWebサーバに向けて流れていく途中にプロキシを設置し，
流れてくるパケットを横取りすれば，プロキシサーバにパケットが届きます。
無理やり，という感じもしますが，これがトランスペアレントプロキシです。

もう一つ，DNSサーバにIPアドレスを登録する際，
Webサーバのアドレスではなく，プロキシサーバのアドレスを登録する方法もあります。
すると，クライアントはプロキシがWebサーバだと思って，
そこにTCPコネクションを張ってパケットを送ってきます。
これがリバースプロキシです。

>　　<質問３>
>　 またIPアドレスにアクセス先のWebサーバがセットされていた場合、
>　 クライアントはWebサーバーとの間に直接的にTCPコネクションを
> 張ることになるのでしょうか？

トランスペアレントプロキシの場合は，上記の説明のように，
クライアントが通信する相手はプロキシです。
リバースプロキシの場合は，DNSサーバから取得したアドレスが，
そもそも，Webサーバではなく，プロキシのアドレスです。