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yukiさん，こんにちわ。

まず，HSRPやVRRPの動作を思い出してみてください。
HSRP/VRRPはマスタとバックアップの間に制御情報が流れますから，
マスタとバックアップを結ぶリンクが何か必要となるはずです。
ところが，AFTのプライマリとセカンダリを
HSRP/VRRP対応のスイッチに直接接続すると，
このリンクが取れなくなるはずですね。
AFTは一方がスタンバイであり，
両者の間でパケットはフォワーディングしませんから。
これだと，そもそも，HSRP/VRRPが使えないことになります。

だから，まず，HSRPやVRRPのマスタとバックアップを結ぶ，何らかのリンクを用意し，
そこにAFTのプライマリとセカンダリをつなぐ，という格好になるはずです。
具体的には，HSRP/VRRPのマスタとバックアップの間を結ぶ
スイッチングハブとかレイヤ2スイッチとかがあって，
そこにAFTのプライマリとセカンダリをつなぐ，ということですね。
これなら，AFTのポートをつなぐ相手は，HSRP/VRRPのマスタとバックアップの
両方にアクセスできるので，yukiさんが心配するような事態にはならないと思います。