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セカンダリサーバのマシンが動いていても，
DNSサーバのプロセスが正しく動いていなければ，
セカンダリサーバとしては使えないので，
そこをちゃんと動かすようにしないといけません。

bindの設定方法は，『完全理解TCP/IPネットワーク』の第3章，138ページ以後に
解説がありますから，それが参考になると思います。